Theo phương án đó, vị trí của cầu đường sắt cách cầu Long Biên 75m về phía thượng lưu sông Hồng.

Tuyến đường sắt này đi dọc đường Phùng Hưng, qua đường Hàng Đậu, cắt qua đê sông Hồng và chợ Long Biên vượt qua sông Hồng, sau đó chuyển hướng đi trùng với tuyến đường sắt quốc gia hiện có.

Về cơ bản, phương án này có khối lượng giải phóng mặt bằng ít, hạn chế tối đa ảnh hưởng đến khu vực phố cổ và phố cũ, kết nối với mạng lưới giao thông đô thị và mạng lưới giao thông công cộng khá thuận tiện và giảm bớt ảnh hưởng đến cầu Long Biên cũ.

Thành phố đã tổ chức nhiều cuộc hội thảo về các phương án xây dựng cầu, lấy ý kiến đóng góp của Bộ Xây dựng, Bộ Giao thông vận tải, ý kiến của các chuyên gia, nhà khoa học liên quan và đã nhận được nhiều sự đồng thuận đối với phương án trên.

UBND thành phố Hà Nội kiến nghị Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo Bộ Giao thông vận tải trong quá trình lập, điều chỉnh dự án cần nghiên cứu ý kiến của Bộ Xây dựng cũng như ý kiến đóng góp của các chuyên gia, nhà khoa học… để hoàn chỉnh phương án kiến trúc, kết cấu, bố trí các ga và các đường tiếp cận bảo đảm kiến trúc, cảnh quan, môi trường, hiệu quả kinh tế - xã hội và không ảnh hưởng nhiều đến cầu Long Biên.